Trong số những ấn phẩm quan trọng nhất của ông, trong đó có nhiều ấn phẩm đồng tác giả, gồm:

• A Field Ornithology (1874);
• Birds of the North-west (1874);
• Monographs on North American Rodentia, với J. A. Allen (1877);
• Birds of the Colorado Valley (1878);
• A Bibliography of Ornithology (1878–1880, incomplete);
• New England Bird Life (1881);
• A Dictionary and Check List of North American Birds (1882);
• Biogen, A Speculation on the Origin and Motive of Life (1884);
• The Daemon of Darwin (1884);
• Can Matter Think? (1886); and Neuro-Myology (1887).

Ông cũng đóng góp nhiều bài viết về Century Dictionary, viết cho nhiều bách khoa toàn thư khác nhau, và biên tập Journals of Lewis and Clark (1893), The Travels of Zebulon M. Pike (1895), New Light on the Early History of the Greater Northwest: The Manuscript Journals of Alexander Henry, Fur Trader of the Northwest Company and of David Thompson, Official Geographer and Explorer of the Same Company, 1799-1814 (1897) và Forty Years A Fur Trader on the Upper Missouri: The Personal Narrative of Charles Larpenteur 1833-1872 (1898)